Die Königin und der Leibarzt erzählt eine der emotionalsten Begebenheiten der Europäischen Geschichte, nämlich das Macht- und Liebes-Dreieck zwischen der dänischen Königin Caroline Mathilde (Alicia Vikander), ihrem geisteskranken Mann, König Christian VII. (Mikkel Følsgaard), und dem deutschen Arzt und Aufklärer Johann F. Struensee (Mads Mikkelsen). Die drei lösen in Folge ihrer emotionalen Verstrickungen eine Revolution aus, die ihr Leben und die dänische Nation maßgeblich verändern wird.